var Sequence = require('origenes').Sequence;
 
// Create some sequence instances
 
    var simple_seq = new Sequence('ACTG');
    /*
        { SEQ: 'ACTG', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
    var oligonucleotide = new Sequence("GTTGACCGTAGCGAGTCCG");
    /*
        { SEQ: 'GTTGACCGTAGCGAGTCCG',
          LEN: 19,
          TYPE: 'DNA',
          TM: 62,
          TA: 57 }
     */
 
    var rna = new Sequence("AUGGAACUGACUGAAGAUUGA");
    /*
        { SEQ: 'AUGGAACUGACUGAAGAUUGA', 
          LEN: 21,
          TYPE: 'RNA' }
     */
 
    var degenerate_seq = new Sequence('AN-RCTYGK');
    /*
        { SEQ: 'AN-RCTYGK',
          LEN: 9,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
 
// Sequence instances are immutable, their properties are constants
 
    simple_seq.SEQ = "ATATATATATA";
    simple_seq.aNewProperty = "something":
    simple_seq; 
    /*
        { SEQ: 'ACTG', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
 
// Melting and annealing temperatures are calculated for DNA oligonucleotides [18..25nt]
 
    oligonucleotide.TM; // 62  as 4*(G+C) + 2*(A+T) in °C
    oligonucleotide.TA; // 57  as (TM - 5) in °C
 
 
// Tm, Ta are not defined for sequences shorter than 18nt or longer than 25nt
 
    simple_seq.TM; // undefined
    simple_seq.TA; // undefined
 
 
// Sequence instance methods return new Sequence instances
 
    simple_seq.transcribe();
    /*
        { SEQ: 'ACUG', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'RNA' }
     */
 
    rna.transcribe(); 
    /*
        'Error: can't transcribe RNA.' 
     */
 
    simple_seq.reverse();
    /*
        { SEQ: 'GTCA', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
    simple_seq.complement(); 
    /*
        { SEQ: 'TGAC', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
    degenerate_seq.complement(); 
    /* 
        { SEQ: 'TN-YGARCN',
          LEN: 9,
          TYPE: 'DNA' }
    */ 
 
    rna.complement(); 
    /*
        { SEQ: 'UACCUUGACUGACUUCUAACU', 
          LEN: 21,
          TYPE: 'RNA' }
     */
 
 
// Instance methods are chainable
 
    simple_seq.reverse().complement(); 
    /*
        { SEQ: 'CAGT', 
          LEN: 4,
          TYPE: 'DNA' }
     */
 
    simple_seq.SEQ == simple_seq.reverse().reverse().SEQ; // true
 
    simple_seq.reverse().complement().SEQ == simple_seq.complement().reverse().SEQ; // true
 
 
// Translate a RNA Sequence object into a new Sequence instance of type PROT
    
    rna.translate();
    /*
        { SEQ: 'MELTED*',
          LEN: 7,
          TYPE: 'PROT' }
     */
 
// translate a DNA Sequence object into new Sequence instance of type PROT
// with automatic/under the hood transcription()
 
    long_oligo.translate();
    /*
        { SEQ: 'VDRSES',
          LEN: 6,
          TYPE: 'PROT' }
     */